En savoir plus

Adresse : INRAE – UMR IGEPP - Domaine de la Motte - BP 35327 - 35653 Le Rheu Cedex

Au fil des saisons... Parcours   Depuis 2002 : Chercheur INRAE (CR) à l’IGEPP Rennes

2016-2017 : Mission longue durée au CSIRO (Canberra, Australie) 2014 : Habilitation à diriger des recherches (Université de Rennes 1) 2001-2002 :  Stage post-doctoral au CEFE - CNRS à Montpellier, France 2000-2001 : Stage post-doctoral à l’Université Justus Liebig de Giessen, Allemagne 1996-2000 : Doctorat en épidémiologie (INAPG AgroParisTech, France) à l’INRA Grignon 1995-1996 : DEA en phytopathologie (Université Paris XI Orsay, France) 1994-1996 : Cursus d’ingénieur agronome (INAPG AgroParisTech, France) 1990-1994 : Licence et Maîtrise de biologie végétale (Université Paris XI Orsay, France)

Projet de recherches

Epidémiologie en métapopulations dans les agro-écosystèmes

En tant qu'épidémiologiste, j'étudie la biologie et la génétique des populations de phoma (Leptosphaeria maculans) en relation avec la stabilité de l'efficacité des résistances du colza. L'objectif de mes recherches est de formaliser, mettre en lien et quantifier les processus intervenant dans la réponse adaptative d'une métapopulation du champignon sur un ensemble de parcelles sur lesquelles les pressions de sélection ne sont pas homogènes.

Pour ceci, je m'intéresse à la migration, la survie, la transmission et à l'intégration de ces éléments dans des modèles permettant de simuler des stratégies (combinaison de tactiques de lutte) à l'échelle d'un réseau de parcelles. J'associe travail de conceptualisation, participation au développement de modèles, réalisation d'expérimentations au champ ou par suivi en parcelles agricoles, étude de processus en conditions contrôlées et utilisation de l’analyse d’images pour quantifier les processus épidémiologiques. Cette thématique étant par essence interdisciplinaire, comprendre les conditions favorables à l'interdisciplinarité fait partie de mes réflexions.

Thèmes d’intérêt

(publications correspondantes = numéros entre crochets)

• Epidémiologie de la production et de la transmission d’inoculum entre saisons culturales, en fonction de la sévérité des épidémies, de l’effet des résistances variétales, des régimes de reproduction et de la survie. Objets d’application : phoma du colza [11, 12, 13, 23, 25, 26, s2, s4] et oïdium de l’orge [2, 4, 5]
• Epidémiologie de la dispersion d’inoculum. Objets d’application : phoma du colza [16, 10, 24, s1, s4], rouille du peuplier [17]
• Analyse d’images pour quantifier les paramètres épidémiologiques [29, p4]
• Caractérisation du pH et du redox dans les plantes et les champignons. Objets d’application : riz [27], divers champignons [28]
• Structure des populations en fonction des caractéristiques de l’environnement, du régime de reproduction et de l’adaptation aux pressions de sélection induites par la résistance des plantes et les pesticides. Objets d’application : phoma du colza [15, 22, 26, p3], rouille du peuplier [17], oïdium de l’orge [6, r1], escargot d’eau douce Physa acuta [7, 8, 21], tavelure du pommier [r2], moutardes [30]
• Conceptualisation de l’efficacité de la maîtrise des épidémies dans les agro-écosystèmes et déterminants de sa stabilité. Lien entre sélection pour la résistance variétale et épidémiologie [v1], efficacité [18] et stabilité [19] de la maîtrise des épidémies. Liens entre concepts disciplinaires [a1, a2, a3] et conditions favorables aux recherches interdisciplinaires [20]

Actualité du moment 

2008-2019: Analyse d’images: d’un “peut être” à une chaîne de traitement

Les fructifications des champignons sont essentielles pour la survie pendant les conditions adverses et pour la transmission des épidémies cycliques d’une saison culturale à la suivante. De plus, lorsqu’elles sont générées par reproduction sexuée, la recombinaison affecte la structure de la population et son adaptation, par exemple aux résistances de l’hôte. La quantification de l’inoculum produit à l’issue de l’épidémie de phoma du colza est donc nécessaire. Pendant sa thèse, Elise Lô-Pelzer [11] a passé des heures à compter les pseudothèces sous la loupe binoculaire. Heureusement, elle a pu montrer que le nombre des pseudothèces – si laborieux à compter – est bien corrélé à la surface qu’ils occupent sur les résidus de colza. Depuis ce moment-là, j’ai eu en tête l’idée que l’analyse d’images apporterait une aide précieuse. Ainsi, chaque année après les notations en fin d’épidémie, j’ai commencé à collecter les tiges de colza et les préparer pour garder la trace de la sévérité des nécroses (en les perçant et les assemblant sur des brochettes de BBQ avec une code barre) puis à les incuber l’été et l’automne suivants.

Au début, j’ai pris des photos sur des fonds hétérogènes, de différentes hauteurs, sans prêter attention à la lumière, et les tiges avaient une ombre (dont il était difficile ensuite de se défaire). Les premiers essais de traitement avec l’aide de mes collègues Nicolas Parisey, Marcellino Palerme et Melen Leclerc nous ont permis d’identifier les réglages clé et de les optimiser. Par chance, les tiges sèches se conservent bien au sous-sol de notre bâtiment, ce qui m’a permis de prendre de nouveau toutes les photos.

Ces photos nous ont fourni suffisamment d’images pour entraîner des algorithmes, pour comparer statistiquement leurs performances et ainsi développer une chaîne de traitement des images performante [29]. Nous l’avons utilisée pour des tiges issues de champs d’agriculteurs et l’application à de nouveaux jeux de données est en cours pour tester l’effet du génotype hôte sur la production de fructifications [p4].

Publications et rapports de recherche

N’hésitez pas à me demander les documents si vous ne parvenez pas à les télécharger en utilisant leur doi. Sinon, les post-prints correspondants sont disponibles dans l’archive publique HAL INRAE.

Publications académiques

[30] Bousset L, Ermel M, Delourme R (2020). French condiment mustard resistance against Leptosphaeria maculans relies on genes Rlm5 and Rlm6, calling for caution in the deployment of Rlm6 in oilseed rape crops. EJPP 158:799–803. doi:10.1007/s10658-020-02099-2

[29] Bousset L, Palerme M, Leclerc M, Parisey N (2019). Automated image processing framework helps to analyse the density of fruiting bodies of Leptosphaeria maculans on oilseedrape stems. Plant Pathology 68:1749–1760 DOI : 10.1111/ppa.13085

[28] Bousset L, Ermel M, Soglonou B, Husson O (2019). A method to measure redox potential (Eh) and pH in agar media and plants shows that fungal growth is affected by and affects pH and Eh. Fungal Biology 123:117-124 doi: 10.1016/j.funbio.2018.11.008.

[27] Husson O, Audebert A, Benada J, Soglonou B, Tano F, Dieng I, Bousset L, Sarthou JP, Joseph S, Menozzi P, Boulakia S, Futakuchi K (2018). Leaf Eh and pH: A novel indicator of plant stress. Spatial, temporal and genotypic variability in rice (Oryza sativa L.). Agronomy 8, 209; doi:10.3390/agronomy8100209.

[26] Bousset L, Sprague JS, Thrall PH, Barrett LG (2018). Spatio-temporal connectivity and host resistance influence evolutionary and epidemiological dynamics of the canola pathogen Leptosphaeria maculans. Evolutionary Applications 11:1354-1370 doi: 10.1111/eva.12630.

[25] Bousset L, Ermel M, Lebreton L (2018). The full life cycle of Leptosphaeria maculans completed on inoculated oilseed rape incubated under controlled conditions. Plant Pathology 67:1321–1328 Doi: 10.1111/ppa.12853

[24] Bousset L, Jumel S, Picault H, Domin C, Lebreton L, Ribule A, Delourme R (2016). An easy, rapid and accurate method to quantify plant disease severity: application to phoma stem canker leaf spots. European Journal of Plant Pathology145:697-709. DOI

[23] Bousset L, Jumel S, Garetta V, Picault H, Soubeyrand S (2015). Transmission of Leptosphaeria maculans from a cropping season to the following one. Annals of Applied Biology 166:530-543. DOI

[22] Delourme R, Bousset L, Ermel E, Duffé, Besnard AL, Marquer B, Fudal I, Linglin J, Chadœuf J, Brun H (2014). Quantitative resistance affects the speed of frequency increase but not the diversity of the virulent alleles overcoming a major resistance gene toLeptosphaeria maculansin oilseed rape. Infection, Genetics and Evolution 27:490-499. DOI

[21] Bousset L, Pointier JP, David P, Jarne P (2014). Neither variation loss, nor change in selfing rate is associated to the worldwide invasion of Physa acuta from its native North America. Biological Invasions, 16:1769-1783. DOI

[20] Bousset L, Chèvre AM (2013). Stable epidemic control in crops based on evolutionary principles: adjusting the metapopulation concept to agro-ecosystems. Agriculture, Ecosystems and Environment 165:118-129. DOI

[19] Bousset L (2012). Travail d’ébauche interdisciplinaire : peut-on parler simplement d’un processus complexe ? Nature, Sciences, Sociétés 20: 448-454. DOI

[18] Bousset L, Chèvre AM (2012). Controlling cyclic epidemics on the crops of the agro-ecosystems: articulate all the dimensions in the formalisation, but look for a local solution. Journal of Botany Article ID 938218, 9p. DOI

[17] Xhaard C, Barrès B, Andrieux A, Bousset L, Halkett F, Frey P (2012). Disentangling the genetic origins of a plant pathogen during disease spread using an original molecular epidemiology approach. Molecular Ecology 21: 2383-98. DOI

[16] Travadon R, Sache I, Dutech C, Stachowiak A, Marquer B, Bousset L (2011). Absence of isolation by distance patterns at the regional scale in the fungal plant pathogenLeptosphaeria maculans. Fungal Biology 115: 649-659. DOI

[15] Lô-Pelzer E, Bousset L, Jeuffroy MH, Salam MU, Pinochet X, Boillot M, Aubertot JN (2010). SIPPOM-WOSR : A simulator for integrated pathogen population management of phoma stem canker on winter oilseed rape. I. Description of the model. Field Crops Research 118: 73-81. DOI

[14] Lô-Pelzer E, Aubertot JN, Bousset L, Salam MU, Jeuffroy MH (2010). SIPPOM-WOSR : A simulator for integrated pathogen population management of phoma stem canker on winter oilseed rape. II. Sensitivity analysis. Field Crops Research 118: 82-93. DOI

[13] Lô-Pelzer E, Aubertot, JN, Bousset L, Pinochet X, Jeuffroy MH (2009). Phoma stem canker (Leptosphaeria maculans/L biglobosa) of oilseed rape (Brassica napus): is the G2 Disease Index a good indicator of the distribution of the observed canker severities? European Journal of Plant Pathology 125: 515-522. DOI

[12] Travadon R, Marquer B, Ribulé A, Sache I, Brun H, Delourme R, Masson JP, Bousset L (2009). Systemic progress of Leptosphaeria maculansfrom cotyledons to hypocotyle in oilseed rape: influence of the number of infection sites, of intraspecific competition and of host polygenic resistance. Plant Pathology 58: 461-469. DOI

[11] Lô-Pelzer E, Aubertot, JN, David O, Jeuffroy MH, Bousset L (2009). Experimental evidence for a relationship between the severity of phoma stem canker (Leptosphaeria maculans/L. biglobosaspecies complex) and subsequent primary inoculum production on oilseed rape stubble. Plant Pathology 58:61-70. DOI

[10] Travadon R, Bousset L, Saint-Jean S, Brun H, Sache I (2007). Splash dispersal ofLeptosphaeria maculanspycnidiospores and the spread of blackleg on oilseed rape. Plant Pathology 56: 595-603. DOI

[9] Aubertot JN, West JS, Bousset-Vaslin L, Salam MU, Barbetti MJ, Diggle AJ (2006). Improved resistance management for durable disease control: a case study of phoma stem canker of oilseed rape (Brassica napus). European Journal of Plant Pathology 114: 91-106. DOI

[8] Henry P-Y, Bousset L, Sourrouille P Jarne P (2005) Partial selfing, ecological disturbance and reproductive assurance in an invasive freshwater snail. Heredity 95: 428–436. DOI

[7] Bousset L, Henry P-Y, Sourrouille P, Jarne P (2004) Population biology of the invasive freshwater snailPhysa acutaapproached through genetic markers, ecological characterization and demography. Molecular Ecology 13: 2023-2036. DOI

[6] Bousset L, Pons-Kühnemann J (2003) Effects of acibenzolar-S-methyl and ethirimol on the composition of a laboratory population of barley powdery mildew. Phytopathology 93: 305-315. DOI

[5] Bousset L, de Vallavieille-Pope C (2003). Effect of sexual recombination on pathotype frequencies in barley powdery mildew populations of artificially inoculated field plots. European Journal of Plant Pathology 109: 13-24. DOI

[4] Bousset L, de Vallavieille-Pope C (2003) Barley powdery mildew populations on volunteers and changes in pathotype frequencies during summer on artificially inoculated field plots. European Journal of Plant Pathology 109: 25-33. DOI

[3] Bousset L, Hovmøller MS, Caffier V, de Vallavieille-Pope C, Østergård H (2002) Observed and predicted changes over eight years in frequency of barley powdery mildew avirulent to spring barley in France and Denmark. Plant Pathology 51: 33-44. DOI

[2] Bousset L, Schaeffer B, de Vallavieille-Pope C (2001) Effect of early infection on pathotype frequencies in barley powdery mildew (Blumeria graminis f. sp. hordei) populations in field plots. Plant Pathology 50: 317-324. DOI

[1] Délye C, Bousset L, Corio-Costet MF (1998). PCR cloning and detection of point mutations in the eburicol 14a-déméthylase (CYP51) gene fromErysiphe graminis f. sp. hordei, a "recalcitrant" fungus. Current Genetics 34, 399-403. DOI

Préprints

[p4] Bousset L, Vallée P, Delourme R, Parisey N, Palerme M, Leclerc M (2020b). Besides stem canker severity, oilseed rape host genotype matters for the production of Leptosphaeria maculans fruiting bodies. BIORXIV-2020. doi : https://doi.org/10.1101/2020.08.06.240168.

[p3] Bousset L, Ermel M, Delourme R (2020a).  A Leptosphaeria maculans set of isolates characterised on all available differentials and used as control to identify virulence frequencies in a current French population. BIORXIV-2020. doi: http://dx.doi.org/10.1101/2020.01.09.900167

[p2] Bousset L, Palerme M, Leclerc M, Parisey N (2018b). Automated image processing to support the analysis of between-year transmission of Leptosphaeria maculans in field conditions. BIORXIV-2018. doi: https://doi.org/10.1101/488890

[p1] Bousset L, Ermel M, Delourme R (2018a). Careful deployment of oilseed rape crops with Rlm6 resistance gene against L. maculans is recommended to prevent the loss of efficacy of this resistance gene in French condiment mustard. BIORXIV-2018. doi: https://doi.org/10.1101/297937

Autres publications et rapports de recherche

[v1] Bousset L, Brun H, Chèvre AM, Delourme R (2011). Quel lien entre l’épidémiologie, la création variétale et le potentiel de durabilité des résistances ? Illustration chez le phoma du colza.Innovations Agronomiques15:29-43.  www.inra.fr/ciag/content/download/4230/34111

[r3] Bousset L (2014). Epidémies cycliques sur les cultures des agro-écosystèmes : adaptation des champignons aux résistances variétales. Habilitation à diriger des recherches, Université de Rennes 1, 43p. DOI

[r2] Bousset L (2000). Evolution saisonnière de populations d'oïdium de l'orge (Blumeria graminis f.sp. hordei) face aux résistances des variétés d'orges d'hiver et de printemps. Thèse de doctorat, INA-PG, 122p.

[r1] Bousset L (1996) Influence de la stratégie de mélange variétal de pommiers sur une épidémie de tavelure (Venturia inaequalis). DEA, INA-PG, 25p

Documents de travail

[a1] Bousset L (2011). Point de vue sur l'articulation de concepts disciplinaires : application à la gestion de la maîtrise des épidémies sur les cultures dans les agro-écosystèmes, INRA, Document de travail pp. 76p. – ProdINRA B-1669.

[a2] Bousset L (2012). Maitriser les épidémies dans les agro-écosystèmes : quelques concepts et liens pour la rencontre de disciplines scientifiques, INRA, Document de travail pp. 58p. (ProdINRA 173531).

[a3] Bousset L (2020). Maladie de la plante, Epidémies, Résistance génétique, Adaptation et Tactiques. INRAE, Document de travail. Hal02929934

Encadrement d'étudiants

[s4] Colonges T (2009). Initiation et caractérisation d’épidémies induites par les ascospores et les conidies de Leptosphaeria maculans sur le colza. Master 2, Agrocampus Rennes. Encadrante Bousset L.

[s3] Lô-Pelzer E (2005-2008). Modélisation des effets des systèmes de culture et de leur répartition spatiale sur le phoma du colza et l’adaptation des populations pathogènes responsables de la maladie (Leptosphaeria maculans) aux résistances variétales. PhD, AgroParisTech. Co-encadrants Aubertot JN, Bousset L, Jeuffroy MH (resp. HDR). Financement INRA EA / CETIOM. http://pastel.paristech.org/3792/

[s2] Travadon R (2005-2008). Facteurs épidémiologiques contribuant à l’adaptation des populations de Leptosphaeria maculans aux résistances spécifiques de Brassica napus : dispersion des pycnidiospores et des ascospores et progression systémique du champignon. PhD, Agrocampus Rennes. Supervisors Bousset L, Sache I, Brun H. Financement INRA SPE / Région Bretagne. http://hal.archives-ouvertes.fr/docs/00/33/34/77/PDF/Final2.pdf

[s1] Travadon R (2005). Etude de la dispersion par la pluie des spores de Leptosphaeria maculans issues de multiplication asexuée ; conséquences potentielles sur la phase initiale du contournement des résistances du colza. Master 2, Agrocampus Rennes. Encadrants Bousset L, Sache I, Brun H.

Coordination de projets de recherche

2005-2008 Cèdre "How to durably exploit plant resistance", projet interdisciplinaire entre biologie et sciences sociales (16 équipes) financé par ANR-ADD.

2005-2008 "Adaptation of phoma stem canker populations to oilseed rape resistances: characterisation of partial resistance, biology of populations during the loss of efficacy or resistance and inoculum production at the end of the cropping season" projet associant pathologie et génétique végétales, agronomie et CETIOM (4 équipes) financé par CTPS.

Zoom sur des travaux passés:

Juillet 2016 à Juin 2017, un an de l’autre côté : les connaissances sur les pathosystèmes naturels comme source d’inspiration pour les cultures des agroécosystèmes

Ma visite au CSIRO en 2016 peut être vue soit comme la coïncidence du spatial evolutionary epidemiology workshop en 2014 où j’ai rencontré Luke Barrett qui m’a invitée, soit comme le 20ème anniversaire de l’année 1996 où j’ai pour la première fois lu une publication de ce groupe. Les dynamiques sur le temps long ont parfois besoin de secousses sur le court terme…

Travailler au sein du groupe "Management of Biotic threats in Farming Systems" (Gestion des menaces biotiques dans les systèmes de culture) à Canberra est pour moi l’opportunité de partager et de mettre en discussion les idées sur l’évolution en populations fragmentées sous pression de sélection, étant données les spécificités des agroécosystèmes. Mettre nos forces en commun avec les collègues en Australie nous permet de relever le défi de développer des méthodes fiables permettant de tester au champ des attendus théoriques.

L’INRA apporte son soutien à cette visite comme mission longue durée, et nous bénéficions d’une bourse Frederick McMaster fellowship pour le projet « Impact of inoculum carry-over on landscape dynamics of the blackleg canola pathogen » (Impact de la transmission d’inoculum sur la dynamique des populations de l’agent causal du phoma du colza au sein du paysage). L’objectif général du projet est de partager nos connaissances et de collaborer à faire avancer les bases scientifiques des stratégies de gestion durable des résistances pour les plantes cultivées. La partie recherche du projet sera centrée sur l’établissement de synergies entre l’expertise de l’UMR IGEPP de l’INRA en France sur les expérimentations de sélection récurrente au champ, et les connaissances du CSIROen Australie sur les dynamiques écologiques et évolutives en populations spatialement structurées (i.e. métapopulations).

2014 : HDR "Epidémies cycliques sur les cultures des agro-écosystèmes : adaptation des champignons aux résistances variétales." (http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00968651)

Pourquoi soutenir l’HDR ? La démarche scientifique s’appuie sur la continuelle réévaluation des hypothèses et des théories au regard des résultats expérimentaux. Former les chercheurs de demain à remettre en question nos certitudes d’aujourd’hui, c’est assurer le renouvellement des cadres de pensée, leur permettre d’aller explorer différemment les thématiques actuelles, ou d’aller explorer des voies différentes.

Je conclus mon rapport d’HDR en citant le physicien Carlo Rovelli :

"Au cœur de la force de la pensée scientifique est la remise en question continuelle des hypothèses et des résultats antérieurs ; remise en question qui, néanmoins, repose avant tout sur la reconnaissance profonde de la valeur de connaissance contenue dans ces mêmes résultats. " (Rovelli 2009. Anaximandre de Milet ou la naissance de l’esprit scientifique p83)

Ce qui l’amène un peu plus loin à écrire

"[…] poursuivre et prolonger la voie du maître en critiquant le maître […]."

J’apprécie cette phrase à plusieurs titres. D’une part elle trace la voie à notre production scientifique : repousser plus loin les limites de la connaissance, dans la continuité de nos prédécesseurs. D’autre part elle précise ce que nous avons à transmettre et apprendre à nos étudiants : oser demain remettre en question ce que nous-mêmes tenons aujourd’hui pour une certitude la plus solidement fondée, pour une méthode la plus appropriée, pour une conceptualisation la plus adéquate. A nous de former nos successeurs pour que toujours cette remise en question se poursuive.

Le seul complément que j’apporterai à cette phrase est que suivre et métisser plusieurs manières de voir enrichit grandement la réflexion. Ce sont donc de multiples maîtres qu’on gagne à écouter !

Le rapport est disponible en français Le rapport est disponible en français (http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00968651). Pour les besoins de l’évaluation par le jury, j’ai produit une version traduite aussi fidèlement que possible en anglais. La responsabilité d’éventuelles erreurs de traduction m’incombe, et j’encourage – quand c’est possible – les lecteurs à se référer au texte en français.

20012-2013 : Conceptualisation de l’efficacité et de la stabilité de stratégies de maîtrise des épidémies dans les agro-écosystèmes.

Dans les agro-écosystèmes, les actions humaines exacerbent les homogénéités alternant avec des discontinuités nettes sur les échelles de temps et d’espace. La dynamique des épidémies cycliques prend en compte ces discontinuités. Nous avons formalisé la dynamique des épidémies cycliques, dont le développement dépend de l’interaction dans l’espace et dans le temps entre les plantes hôtes, les agents pathogènes, l’environnement et les actions humaines. Ceci permet de décomposer la maîtrise à l’échelle de la parcelle et du paysage en objectifs à atteindre, correspondant aux composants de la dynamique pluriannuelle des épidémies. Articuler les concepts disciplinaires ouvre la possibilité d’optimisation en identifiant les contributions potentielles de chacun. Nous proposons que les épidémies cycliques puissent être maîtrisées en recherchant une solution locale, de manière décentralisée [18].

A présent, l’agro-métapopulation pathogène s’adapte à celle de son hôte et la réciproque ne se produit pas. Nous avons proposé comment ajuster la théorie de la mosaïque géographique de la coévolution entre hôtes et agents pathogènes aux agro-écosystèmes, rendant possible le lien entre les concepts écologiques et ceux de l’évolution à l’échelle du paysage, comme c’est le cas dans les écosystèmes naturels. Ceci ouvre la perspective d’optimiser la stabilisation de l’efficacité de la maîtrise des épidémies en concevant des stratégies de gestion pour appliquer de manière sélective des coûts évolutifs, afin de maintenir l’agro-métapopulation pathogène localement non adaptée à l’agro-métapopulation hôte [20].