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Thèse débutée le 1er décembre 2012, soutenue le 8 janvier 2016

Financement : CIFRE financée par l'ACVNPT (Association des Créateurs de Variétés Nouvelles de Pomme de Terre) qui regroupe les entreprises Bretagne-Plants, Germicopa, Comité Nord et Grocep

Encadrants : Didier Andrivon & Josselin Montarry

Résumé :

Les populations ouest européennes de Phytophthora infestans, l’oomycète responsable du mildiou chez la pomme de terre (Solanum tuberosum), sont caractérisées par une structure fortement clonale et un remplacement rapide des lignées dominantes. Cette thèse visait donc à identifier les déterminants écologiques, phénotypiques et évolutifs du caractère invasif des lignées clonales de ce parasite. Nous avons pour cela analysé les dynamiques génotypiques et phénotypiques de populations sur deux échelles de temps, l’une à long terme (près d’une décennie) et l’autre à court terme via un suivi longitudinal sur deux épidémies consécutives incluant la phase inter-épidémique. Ces suivis ont été complétés par l’étude des réponses adaptatives au sein de ces populations en lien avec les principaux traits d’histoire de vie du parasite. Nos résultats tendent à rejeter l’hypothèse, souvent avancée, que la capacité invasive est liée à une plus grande agressivité des nouvelles lignées par rapport aux anciennes. De plus, le suivi sur deux ans a révélé un scénario complexe, avec la présence de deux lignées clonales dominantes (6_A1 et 13_A2) aux stratégies reproductives opposées : alors que les isolats 6_A1 produisent de nombreux sporanges de petite taille, les 13_A2 en produisaient moins mais de plus grande taille. La coexistence au sein d’une même population de ces deux stratégies pourrait être due au trade-off entre ces deux traits d’histoire de vie, que nous avons également mis en évidence. Enfin nous avons montré des réponses différentes à la température entre ces lignées clonales, ainsi que des patrons d’adaptation locale très nets, y compris au sein de populations géographiquement éloignées d’un même clone (13_A2). Nos résultats soulignent donc que différents facteurs d'adaptation peuvent impacter les mêmes traits biologiques de P. infestans (taille et nombre des spores, période de latence, croissance des lésions) et qu’il est nécessaire de réfléchir les conséquences de ces pressions de sélection concomitantes dans un contexte général associant changement climatique et déploiement de variétés résistantes.

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