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Dernière mise à jour : Mai 2018

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UMR1348 PEGASE

Génétique de l’efficacité alimentaire chez la poule pondeuse

Thèse : génétique de l’efficacité alimentaire chez la poule pondeuse
Identifier des gènes responsables de la variation de l’efficacité alimentaire chez la poule pondeuse, en combinant différentes approches génétiques sur des lignées contrastées pour ce caractère.

Efficacité alimentaire et adiposité corporelle

Le principal modèle d’étude est composé de deux lignées de poule pondeuses sélectionnées de façon divergente depuis 40 ans sur l’efficacité alimentaire résiduelle, un caractère d'importance économique en production animale. Ces animaux sont donc très contrastés pour l’efficacité alimentaire mais aussi pour l’adiposité corporelle.
Par ailleurs, dans le cadre du programme ANR Chickstress, ces lignées ont été soumises à un stress thermique ou à un stress alimentaire (régime sous-optimal). Puisque ces animaux sont produits dans le monde entier et ont une longue carrière de production, ils sont particulièrement susceptibles de rencontrer l’un de ces stress.

Dessin poule

Les objectifs de la thèse

  • Étude de l'adaptation des poules pondeuses à des conditions de stress, via la collecte de différents phénotypes et transcriptomes par RNA-seq multi-tissus.
  • Étude de marqueurs génétiques de l'efficacité alimentaire et de l'adiposité corporelle, en combinant d’une part l’identification des traces de sélections, l'analyse des transcriptomes (marqueurs type ARN) par RNA-seq dans des tissus clefs pour ces deux caractères (sang, foie, tissu adipeux et hypothalamus), et l’analyse de génomes entiers (marqueurs types SNPs, INDELs, etc.) par DNA-seq sur nos lignées d’intérêt.
  • Étude du lien génotype – tissu – expression, grâce à l’accumulation de données d’expression tissulaire par RNA-seq, dans le but de mieux comprendre la régulation de l’expression des gènes à l’échelle des transcrits, dans la lignée des travaux du consortium GTEX.

Identification de gènes causaux affectés par un polymorphisme

Les gènes causaux qui sont aujourd’hui les plus identifiés sont affectés par un polymorphisme modifiant la structure de la protéine codée. Lors de cette thèse, le dispositif expérimental permettra d’aller plus loin, en identifiant des gènes causaux qui régulent l’expression d’autres gènes et ne codent pas de protéine (ARN long non-codants), mais également des gènes, codants ou non, affectés par un polymorphisme modifiant la quantité de transcrits produite.

Variant

Les effets d’un variant dépendent de la région du gène dans laquelle il apparait (transcrite vs. régulatrice) et du type de gène affecté (codant vs. non-codant).

A : un variant affectant la partie transcrite et traduite d’un gène codant peut altérer la structure de la protéine codée.
B : un variant affectant la partie transcrite d’un gène non-codant peut avoir des effets sur la fonction de ce gène ; ces gènes sont considérés comme régulateurs.
C : un variant affectant la région régulatrice d’un gène codant peut affecter la quantité d’ARNm produite, et donc la quantité de protéine traduite.
D : un variant affectant la région régulatrice d’un gène non-codant peut affecter la quantité d’ARN non-codant produite, affectant l’expression des gènes qu’il régule.

Frédéric Jehl travaille sur ce sujet de thèse depuis le 1er novembre 2017 pour une durée de 3 ans. Il est encadré par Sandrine Lagarrigue dans l’équipe Génétique & Génomique et co-encadré par Tatiana Zerjal de l’équipe PSGen (UMR Gabi).

Contact

Frédéric Jehl, frederic.jehl[at]inra.fr