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Les activités de l'U3E sont développées avec un large partenariat scientifique et fonctionnel.

Partenaires de recherche

L’U3E est une unité ouverte dont les activités scientifiques se font en collaboration avec de nombreuses Unités de Recherche d'INRAE mais également avec d'autres organismes ou universités. Elles interviennent directement sur les sites ou utilisent les données ou les échantillons récoltés par l'U3E. Certains programmes peuvent faire appel à des équipes européennes ou nord-américaines.

Les projets de recherche mis en œuvre avec ces divers partenaires sont financés par des appels à propositions de recherche issus de différents ministères (Recherche, Écologie, Agriculture...), d'agences nationales (ANR, ANSES,ADEMe...), d'opérateurs publics (OFB, agences de l'eau...) de l'Europe (FEAMP, Interreg, Horizon Europe, FEDER...), ou des régions Bretagne et Normandie.

UMR DECOD "Dynamique et durabilité des écosystèmes : de la source à l'océan"	Écologie comportementale et biologie des populations de poissons (UMR ECOBIOP)	Sol agro et hydrosystème spatialisation (UMR SAS)	Centre alpin de recherche sur les réseaux trophiques des écosystèmes limniques (UMR Carrtel)
Écosystèmes, Biodiversité, évolution (Unité EcoBio)	Observatoire des sciences de l'univers de Rennes (OSUR)	Bureau de recherches géologiques et minières (BRGM)	EHESP : École des hautes études en santé publique
Station d'écologie théorique et expérimentale (SETE)	Game and Wildlife Conservation Trust (GWCT)	Université de Liège	Biologie des organismes et écosystèmes aquatiques (Borea)
Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE)

Partenaires fonctionnels

De par les actions engagées, les relations développées sur les différents sites, voire l’application de certains des résultats; l’U3E entretient  un partenariat important avec des collectivités territoriales (Régions, Syndicats de bassins, SAGE…), des associations (pêche de loisirs, gestion des milieux naturels…) ou différentes structures administratives (OFB, agences de l'eau).

Fédération départementale de la pêche - Morbihan	Fédération départementale de pêche - Manche	OFB Office Français de la Biodiversité	EPTB Bresle Syndicat mixte d'aménagement, de gestion et de valorisation du bassin de la Bresle (SMAB)	Schéma d’aménagement et de gestion des eaux du bassin de la Sélune (SAGE Sélune)
Bretagne Grands Migrateurs (BGM)	SEINORMIGR